Arrêt maladie de l'auto-entrepreneur : ce que vous touchez vraiment en 2026

La réponse en trois lignes

Trois règles suffisent à calculer votre situation, et la troisième est souvent oubliée.

1. La formule. L'indemnité journalière vaut 1/730^e du revenu d'activité annuel moyen (Raam), c'est-à-dire de la moyenne de vos revenus cotisés des trois années civiles précédant l'arrêt. Elle est due à partir du 4^e jour, après trois jours de carence, et suppose 12 mois d'affiliation continue au titre de l'activité.
2. Le plafond. Les revenus sont retenus dans la limite du plafond annuel de la Sécurité sociale, soit 48 060 € en 2026. L'indemnité ne peut donc jamais dépasser 65,84 € bruts par jour, quel que soit votre chiffre d'affaires.
3. L'abattement. Pour un auto-entrepreneur, ameli.fr précise que le revenu annuel correspond au chiffre d'affaires diminué de l'abattement forfaitaire : 71 % pour la vente de marchandises, 50 % pour les prestations de services BIC, 34 % pour les activités libérales relevant des BNC. C'est ce que le régime micro considère comme vos charges professionnelles, appliqué même si vous n'en avez presque aucune.

Le troisième point est décisif. Deux indépendants qui encaissent la même somme ne toucheront pas la même indemnité selon leur catégorie : à 40 000 € de chiffre d'affaires, l'écart va de 15,89 € à 36,16 € par jour. Et un vendeur de marchandises peut facturer 15 000 € par an sans ouvrir aucun droit. Le mécanisme général des indemnités journalières est détaillé sur notre page indemnités journalières des indépendants ; ce qui suit ne traite que du cas micro.

La table : de votre chiffre d'affaires à votre indemnité

Voici le calcul complet, pour un chiffre d'affaires stable sur les trois dernières années civiles. Le revenu retenu est le chiffre d'affaires après abattement ; l'indemnité est ce revenu divisé par 730, plafonnée à 65,84 € et ramenée à zéro sous 4 582 €.

Ce que montre le tableau :

• La colonne « vente » est celle qui décroche. Avec 71 % d'abattement, il faut 15 800 € de chiffre d'affaires pour sortir du zéro, et 40 000 € de ventes ne donnent que 15,89 €/jour — soit 476,70 € pour un mois complet d'arrêt. C'est le cas typique du commerçant en ligne ou du revendeur sur marché.
• Le prestataire de services BIC ne peut jamais atteindre le plafond. Le seuil de sortie du régime micro est fixé à 83 600 € de chiffre d'affaires pour les prestations de services sur la période 2026-2028. Après abattement de 50 %, le revenu retenu maximal est de 41 800 €, soit 57,26 €/jour. Un artisan taxi, un coiffeur à domicile ou un plombier en micro n'atteindront donc jamais les 65,84 €, quel que soit leur volume d'affaires.
• Le BNC est la catégorie la moins pénalisée, avec 66 % du chiffre d'affaires retenus. Le plafond de 65,84 €/jour y devient accessible à partir d'environ 72 800 € de recettes annuelles — c'est-à-dire tout en haut de la fourchette du statut.

Une nuance qui pèse plus qu'on ne croit : le revenu retenu est une moyenne sur trois années civiles. Une première année de démarrage à faible chiffre d'affaires reste dans le calcul pendant trois ans, et une année blanche fait mécaniquement chuter l'indemnité de l'année suivante. Un micro-entrepreneur qui vient de doubler son activité est indemnisé sur son passé, pas sur son présent.

Carence et démarches : trois jours, puis 48 heures

Le délai de carence est de trois jours. Ameli.fr écrit qu'aucune indemnité n'est versée pendant les trois premiers jours de l'arrêt et que les indemnités sont dues à compter du 4^e jour, sans distinguer maladie, accident ou hospitalisation. Une partie des sites spécialisés publie encore « 7 jours en cas de maladie, 3 en cas d'hospitalisation » : c'était l'ancienne règle des artisans et commerçants, elle ne correspond plus à ce qu'applique l'Assurance maladie. Si votre arrêt est lié à une affection de longue durée, la carence n'est retenue que pour le premier arrêt, sur une période de trois ans. Le fonctionnement général de ce mécanisme, et la différence avec la franchise d'un contrat privé, sont expliqués sur notre page franchise et délai de carence.

Les démarches tiennent en quatre points, et le premier est le seul vraiment sanctionné.

1. 48 heures pour transmettre l'arrêt. Vous disposez de 48 heures maximum pour compléter et envoyer les volets 1 et 2 de l'avis d'arrêt de travail au service médical de votre caisse d'assurance maladie, quelle que soit la durée prescrite. Un envoi tardif expose à une réduction des indemnités.
2. Interrompre réellement l'activité. L'arrêt de travail suppose la cessation effective de l'activité professionnelle. Continuer à facturer pendant un arrêt indemnisé expose à la suspension des indemnités et à leur restitution.
3. Respecter les heures de sortie fixées par le médecin — pas de sortie, sorties limitées à certaines plages, ou sorties libres.
4. Attendre le rythme de versement. La caisse verse les indemnités journalières tous les 14 jours en moyenne : comptez plusieurs semaines entre le premier jour d'arrêt et le premier virement. C'est souvent ce délai, plus que le montant, qui met une trésorerie de micro-entreprise en difficulté.

Ces règles sont celles de la Sécurité sociale des indépendants, dont relève l'auto-entrepreneur au même titre que l'artisan ou le commerçant au réel. Les professions libérales réglementées suivent un autre calendrier, décrit sur notre page arrêt de travail en profession libérale.

Le seuil sous lequel vous ne touchez rien

Ce seuil est souvent mal compris, parce qu'il est exprimé en revenu retenu alors que le micro-entrepreneur raisonne en chiffre d'affaires. Traduit dans sa langue, il donne : 15 800 € de ventes, 9 164 € de prestations de services BIC, 6 943 € de recettes libérales. En dessous, vous cotisez, vous êtes affilié, vous êtes en règle — et vous n'êtes pas indemnisé.

Il n'y a pas de rattrapage possible : le régime des indépendants ne prévoit aucune indemnité minimale. La comparaison caisse par caisse figure dans le baromètre des indemnités journalières des indépendants.

Exemple : Léa, 31 ans, graphiste en micro-BNC

Léa est graphiste indépendante depuis quatre ans, en micro-entreprise BNC. Elle facture régulièrement 30 000 € par an, soit 2 500 € de chiffre d'affaires par mois. Après ses cotisations sociales au taux de 25,6 % applicable depuis le 1^er janvier 2026 aux micro-entrepreneurs BNC relevant de la SSI — c'est le cas d'une graphiste ; ceux qui relèvent de la CIPAV cotisent à 23,2 % —, il lui reste environ 1 860 € par mois avant impôt pour vivre et payer son matériel.

Le 1^er octobre, une opération du poignet l'arrête deux mois, soit 61 jours.

Ce que la Sécurité sociale retient :

• Revenu d'activité annuel moyen : 30 000 € − 34 % d'abattement = 19 800 €.
• Indemnité journalière : 19 800 ÷ 730 = 27,12 €/jour bruts — très loin des 65,84 € de plafond.
• Trois jours de carence, puis 58 jours indemnisés : 58 × 27,12 = 1 572,96 € pour les deux mois.

Ce qu'elle aurait encaissé sans l'arrêt : 5 000 € de chiffre d'affaires, soit environ 3 720 € après cotisations. L'indemnité couvre donc 42 % de son revenu habituel, et le manque à gagner s'établit à 2 147 € sur deux mois — avant même de compter son loyer professionnel, son abonnement logiciel et sa mutuelle, qui, eux, continuent de courir.

Si Léa relevait des prestations de services BIC — une activité commerciale ou artisanale de service, comme la reprographie ou l'impression à façon pour des clients —, son revenu retenu serait de 15 000 € et son indemnité de 20,55 €/jour, soit 1 191,90 € pour le même arrêt. La catégorie fiscale, choisie souvent sans y penser à la création, vaut ici 381 € sur deux mois d'arrêt.

Au-delà de trois mois d'arrêt, la question change de nature : c'est celle traitée sur notre page que se passe-t-il après 90 jours d'arrêt.

Quand une prévoyance privée n'est pas prioritaire

Dans plusieurs situations fréquentes chez les auto-entrepreneurs, couvrir ce trou n'est pas la priorité.

1. Vous êtes salarié par ailleurs. C'est un cas fréquent. Un salarié qui exerce une micro-activité en complément perçoit, pour son arrêt de travail, les indemnités journalières de son emploi salarié, souvent complétées par le maintien de salaire de sa convention collective. Sa micro-activité peut ouvrir un droit distinct, calculé séparément sur son revenu retenu — sous réserve des 12 mois d'affiliation et du seuil de 4 582 € —, mais ce droit est sans commune mesure avec l'indemnisation de l'emploi salarié. Souscrire un contrat individuel pour protéger l'activité accessoire revient à assurer la plus petite moitié du revenu.
2. Votre chiffre d'affaires est sous le seuil. Sous 15 800 € en vente ou 9 164 € en services BIC, votre indemnité est nulle : le trou est total. Mais un revenu de cet ordre n'absorbe pas une prime de prévoyance sans déséquilibrer le budget. Dans ce cas, la priorité est de faire grandir l'activité ou d'ouvrir une épargne de précaution mobilisable, pas de payer une cotisation mensuelle.
3. L'activité est un complément de retraite ou d'étude. Si votre micro-entreprise finance des dépenses ajustables et non des charges fixes, un arrêt de deux mois se gère sur le budget du foyer.
4. Vous n'avez pas encore 12 mois d'affiliation. Vous n'ouvrez alors aucun droit à indemnités journalières du régime — mais un contrat privé souscrit dans l'urgence comporte lui aussi des délais d'attente. Le bon réflexe est de vérifier d'abord la couverture santé : notre page mutuelle santé de l'auto-entrepreneur traite ce sujet, qui est celui du remboursement des soins, pas du revenu.

Ce raisonnement suppose une épargne réellement mobilisable en trois mois, et une absence de charges fixes professionnelles. Dès qu'il y a un local, un crédit de matériel ou une personne à charge, la conclusion s'inverse — et le calcul se fait sur le reste à vivre en arrêt de travail, pas sur l'indemnité brute. Le cadre du statut, cotisations et droits compris, est détaillé sur notre page prévoyance de l'auto-entrepreneur.

Pour aller plus loin

• Arrêt de travail des indépendants : le guide
• Prévoyance de l'auto-entrepreneur
• Indemnités journalières des indépendants

L’auteur de cette page

Yacine Sahnoune

Courtier en assurances · Fondateur de Prevoya (WeSave SAS) · Directeur de la publication

Il rédige et vérifie l’ensemble des contenus de ce site. Il conseille les indépendants et les dirigeants sur leur prévoyance, leur mutuelle et leur assurance de prêt, à partir des barèmes des treize caisses obligatoires.

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