Arrêt de travail d'un indépendant : démarches, revenus, pièges (2026)

J0 — Le jour de la prescription : deux réflexes

Le médecin prescrit l'arrêt et, dans la plupart des cas, le télétransmet directement à votre caisse d'assurance maladie. S'il vous remet les volets papier, vous avez 48 heures (2 jours) pour envoyer les volets 1 et 2 à votre CPAM ou MSA — par courrier ou via le téléservice de votre compte. Hors délai, la caisse peut réduire vos indemnités.

Deuxième réflexe, presque toujours oublié : déclarez aussi l'arrêt à votre assureur de prévoyance si vous en avez un. Chaque contrat fixe son propre délai — souvent plus court que vous ne le pensez — et un retard peut coûter la prise en charge des premiers jours.

J1-J3 — La carence : trois jours à zéro

Aucun régime d'indépendant n'indemnise les 3 premiers jours d'un arrêt maladie. C'est la carence légale, qui s'applique à chaque nouvel arrêt. Trois jours, c'est indolore pour la plupart des activités — le vrai sujet n'est pas là, il est au 91^e jour. Pour la différence entre cette carence légale et la franchise de votre contrat privé, lisez franchise et délai de carence.

J4-J90 — Qui paie quoi selon votre régime

J91 — La fracture

Au 90^e jour, les IJ CPAM des libéraux s'arrêtent (87 jours indemnisés au maximum par arrêt). À partir du 91^e jour :

• CARMF : 65,84 à 197,51 €/j selon le revenu, jusqu'à 36 mois.
• CAVEC : 130 €/j. CARCDSF : 113,22 €/j (dentistes), 49,70 €/j (sages-femmes). CNBF : 90 €/j.
• CARPIMKO : 55,44 €/j forfaitaires, quel que soit le revenu.
• CIPAV et CAVP : 0 €. Plus aucun revenu jusqu'à une éventuelle reconnaissance d'invalidité (au moins 66 %).
• SSI, MSA, régime général : rien ne change, l'indemnisation continue dans la limite de 360 jours sur 3 ans.

Le détail caisse par caisse est dans le baromètre IJ.

M6 et au-delà — Invalidité et reprise progressive

Si l'arrêt se prolonge, deux issues :

• La reprise partielle pour motif thérapeutique. Oui, elle existe pour les indépendants — depuis 2019, un TNS peut reprendre progressivement son activité sur prescription médicale, avec l'accord de sa caisse, après un arrêt indemnisé à temps complet. Les indemnités sont partiellement maintenues pendant la reprise. C'est la seule façon légale de « retravailler un peu » pendant un arrêt.
• La reconnaissance d'invalidité, si l'état de santé est stabilisé sans retour possible à l'activité normale. La quasi-totalité des caisses exige une incapacité d'au moins 66 % ; les rentes vont d'environ 9 577 €/an (CNBF) à 49 860 €/an (CAVEC classe 4). Voir notre guide invalidité de l'indépendant.

Peut-on travailler pendant un arrêt ? Non — et ça coûte cher

Toute activité pendant un arrêt — y compris « juste » répondre aux devis, facturer, ou passer une heure au local — peut être requalifiée en activité non autorisée. Conséquences : suspension des IJ, demande de remboursement des sommes versées par la caisse, et refus de prise en charge par l'assureur privé, dont les contrats excluent systématiquement l'activité pendant l'arrêt. Le travail administratif compte : pour la caisse, on est en arrêt ou on ne l'est pas.

Le contrôle médical existe aussi pour les indépendants. La caisse peut mandater un médecin-contrôleur à votre domicile (respect des heures de présence obligatoires) et votre assureur privé dispose contractuellement du même droit. Un contrôle négatif interrompt les versements.

Exemple : Sophie, ostéopathe, 5 mois d'arrêt

Sophie, 41 ans, ostéopathe (CIPAV), revenu annuel moyen 45 000 €. Hernie discale opérée : 5 mois d'arrêt (150 jours).

Il manque 13 387 € — pendant que le loyer du cabinet, l'URSSAF et la CIPAV continuent d'être prélevés. Avec un contrat privé à franchise 15 jours assurant 120 €/j, Sophie aurait perçu environ 16 200 € de plus. Faites le même calcul avec votre revenu sur le simulateur d'IJ, puis chiffrez votre reste à vivre en arrêt.

À qui un arrêt court ne fera pas mal

Ne dramatisons pas tout : un arrêt de 2 à 3 semaines est absorbable par la plupart des indépendants qui ont un peu de trésorerie. Si vous disposez de 6 à 12 mois de charges d'avance, la vraie question n'est pas l'arrêt court — c'est l'arrêt long et l'invalidité. Dans ce cas, une prévoyance à franchise longue (90 jours), nettement moins chère, est plus rationnelle qu'un contrat premier euro. Et si votre confusion porte sur mutuelle contre prévoyance : la mutuelle rembourse des soins, elle ne remplacera jamais votre revenu — voir mutuelle ou prévoyance ?